Лаборатория энтомологии создана в 1946 г., первым ее руководителем был профессор А. С. Космачевский. Первоначально в лаборатории кроме него работало 2 научных сотрудника (А. И. Петров, Л. А. Юхневич), аспирант (Л. С. Пашина) и лаборант (Г. В. Паламарчук). А. С. Космачевский изучал биологию хрущей, А. П. Петров — яблоневую моль, Л. А. Юхневич – жуков нарывников, Л. С. Пашина — фауну и биологию диких пчел.
С 1950 г. лабораторию возглавил проф. П. И. Мариковский. С этого времени начинается наиболее активное и планомерное изучение энтомофауны Казахстана и быстрый рост научных кадров энтомологов. В течение 5 лет защитили кандидатские диссертации И.А. Костин, Н. Б. Шлыков, Л. А. Юхневич, В. Г. Коваленко, Г. Я. Матесова, А. С. Плаксина, И. Д. Митяев, Л. С. Пашина.
Исследования лаборатории этого периода были довольно многогранны, но преобладали два основных направления: 1) насекомые-вредители растений и 2) фауна, систематика, эколого-географические особенности, трофические связи главнейших групп насекомых фитофагов и энтомофагов. В 50-х годах преобладало изучение насекомых, повреждающих плодово-ягодные культуры и древесно-кустарниковые породы в различных ландшафтных зонах республики. Вредителей тополя на юге Казахстана изучал П. Б. Шлыков, лоха и тамариска — И. Д. Митяев, ильмовых на юго-востоке — Л. А. Юхневич и И. Д. Митяев, саксаула — П. И. Мариковский, ели Шренка — И. А. Костин, биологию тутовой пяденицы — А. С. Плаксина.
Большая работа в эти же годы проведена Г. Я. Матесовой, И. Д. Митяевым, Л. А. Юхневич по изучению насекомых и клещей, повреждающих плодово-ягодные культуры в Казахстане. С 1954 по 1960 г. планомерно обследуются окультуренные и дикорастущие плодово-ягодные растения, но всей территории республики. На основе этих многолетних, преимущественно оригинальных, материалов опубликована монография, включающая 612 видов насекомых и клещей, повреждающих в той или иной степени указанные растения. В эти же годы И. А. Костин изучал насекомых — стволовых вредителей хвойных лесов, Р. Ф. Береснева — запасов складских помещений, Н. В. Моисеева — пастбищных полыней. А. Т. Тильменбаев исследовал остроголовых клопов, повреждающих посевы зерновых культур на севере республики.
В 1954-1961 гг. лабораторию возглавляла М. С. Шакирзянова. В эти годы, кроме изучения вредителей сельскохозяйственных культур, проводились исследования гнуса — слепней, комаров, мокрецов, мошек (В. В. Шевченко, Х. А. Ай басов, М.С. Шакирзянова). Впоследствии по этому направлению сформировалась самостоятельная лаборатория во главе с профессором В. В. Шевченко.
В 1961 г. в лабораторию возвратился и возглавил ее П. И. Мариковский. В исследованиях стало преобладать систематико-фаунистическое направление, хотя отдельные работы проводились в плане прошедшего десятилетия: Так, изучались паразитоиды яблоневой моли (П. И. Мариковский, К. 3. Куленова, А. Т. Тильменбаев), насекомые, повреждающие турангу (X. А. Айбасов), джузгун (К. О. Елюбаев), песчаную акацию (М. Н. Сеитова), декоративные насаждения г. Алма-Аты (А. Г. Ломакина).
Учитывая, что познание роли насекомых в природе, агроценозах, охрана редких, уникальных, исчезающих видов, квалифицированное регулирование вредных видов возможны только при условии всестороннего и глубокого изучения отдельных таксономических групп, большое место в лаборатории стали занимать комплексные исследования. С начала 60-х годов энтомофауна республики обследуется по территориальному признаку. Коллективом лаборатории исследуются насекомые Восточного (1961, 1962), Юго-Восточного (1963-1965), Южного (1966-1968), Западного (1969-1972), Северного (1973-1977), Северо-Восточного (1978-1982) Казахстана. Успешно изучаются прямокрылые (С. Р. Насырова), цикадовые (И. Д. Митяев), листоблошки (Ж. М. Иванова, Л. Г. Хлебутина), кокциды (Г. Я. Матесова, О. А. Чекменева, Р. В. Ященко), тли (Н. Е. Смаилова, М. Я. Фолькина, Р. X. Кадырбеков), клопы (Р. Б. Асанова, Б. В. Искаков, Д. Чилдибаев), жужелицы (И. И. Кабак), стафилины (Б. В. Искаков), листоеды (К. 3. Куленова), пластинчатоусые (Г. В. Николаев), щелкуны (Р. С. Тугушева), короеды, златки, усачи (И. А. Костин, А. С. Баденко), осы-сфециды (В. Л. Казенас), пчелиные (Т. П. Мариковская, В. К. Захваткин, Т. И. Щербакова), муравьи (П. И. Мариковский, С. С. Бурсаков), наездники-птеромалиды (К. А. Джанокмен), чешуекрылые (X. А. Айбасов, А. Б. Жданко, Т. М. Кенжеханов), мухи-галлицы (П.И. Мариковский, 3.А. Федотова), мухи-бомбилиды (Д. Ж. Бегимбетова). Исследуются не только фауна и систематика перечисленных выше групп, но и их трофические связи, стациальное и ландшафтное распределение, зоогеография, биология, значение в природе и агроценозах.
X. А. Айбасов и Р. Б. Асанова с 1957 по 1962 гг. изучали чешуекрылых и клопов в составе биокомплексной экспедиции АН СССР в Центральном Казахстане. Под руководством П. И. Мариковского группа сотрудников (А. И. Иванников, В. Л. Казенас, С. С. Тюребаев и др.) в 70-х годах работала по изысканию биологических средств борьбы с сорными растениями на пастбищах Казахстана. Основное внимание было уделено насекомым-фитофагам горчака ползучего, софоры лисоxвoстной и толстоплодной. Получены предварительные результаты для их практического использования в биологической борьбе с этими сорняками в республике.
С 1973 г. лабораторию возглавил д.б.н. И. Д. Митяев, который занимал эту должность до 1995 г. В это время лаборатория изучала фауну по зональному принципу, что давало возможность глубже понять и расшифровать основные пути и этапы ее генезиса, а также значение насекомых в зональных биоценозах. Сначала исследовалась энтомофауна лесостепей и степей Казахстана, затем гор востока, юго-востока и юга Казахстана. С 1988 г. исследования проводились в зоне северотуранских, отчасти южнотуранских пустынь. Проводились также разноплановые исследования отдельных групп и комплексов насекомых в тугайных лесах (Е. В. Ишков) и агроценозах основных полевых культур (А. Е. Сливкин) на юго-востоке Казахстана. Изучалось влияние антропогенных факторов на состав, численность, структуру популяций отдельных индикаторных групп.
В январе 1995 г. лабораторию возглавил доктор биол. наук В. Л. Казенас. В 1995 г. в лабораторию влились группа почвенной зоологии, которую возглавлял д.б.н. В. А. Кащеев, и лаборатория арахноэнтомологии, возглавляемая проф. Т. Н. Досжановым. Количество сотрудников в лаборатории возросло до 24, однако к началу 2000-х годов из-за регулярных сокращений штата численность сотрудников упала до 14 человек.
В 90-е годы и в начале 2000-х в лаборатории проводились исследования по следующим темам (разделам): «Биоразнообразие насекомых и паукообразных в горных, аридных и тугайных экосистемах Юга, Востока и Юго-Востока Казахстана” (до 1996), «Биологические основы рационального использования ядопродуцирующих паукообразных Казахстана» (1996-1999), «Видовое разнообразие насекомых и паукообразных в различных экосистемах Юго-Восточного Казахстана» (1997-1999), «Видовое разнообразие насекомых и паукообразных в горных экосистемах Юга и Юго-Востока Казахстана» (2000-2002), «Экологические особенности насекомых степной зоны, их роль в степных экосистемах и хозяйственное значение» (2000-2002), «Насекомые и паукообразные тугайных экосистем Семиречья» (2003-2005), «Насекомые и паукообразные пастбищных территорий юго-востока Казахстана» (с 2006 г. по настоящее время).
Тематика лаборатории на протяжении всего этого периода отвечала приоритетному экологическому направлению биологии в Казахстане, связанному с сохранением и рациональным использованием биоразнообразия республики. Изучалось видовое разнообразие насекомых и паукообразных в различных экосистемах главным образом на территории Юго-Восточного Казахстана. Получены новые данные о динамике состава и структуры энтомокомплексов в зависи мости от степени влияния антропогенных и некоторых естественных экологических факторов.
Исследовались биологические, экологические особенности видов ряда групп (прямокрылые, цикадовые, кокциды, тли, клопы, роющие осы, наездники-птеромалиды, стафилиниды, жужелицы, златки, дневные бабочки, паукообразные), выяснялись их распространение, численность, приуроченность к биотопам, роль в природе и значение для человека. По ряду видов прямокрылых, пчелиных, полужесткокрылых, равнокрылых, жуков-златок, дровосеков, роющих ос, наездников-птеромалид и других насекомых проведено углубленное изучение их биологии и экологии.
В целом усилиями энтомологов разных поколений, изучавших энтомофауну Казахстана, в республике зарегистрировано около 20 тысяч видов насекомых. В 90-е и 2000-е годы рядом сотрудников велась работа по грантам и хоздоговорам. И. Д. Митяевым и Р. В. Ященко проводилось изучение фитофагов тамариска для их использования в биометоде борьбы с сорными видами тамариска в Западном полушарии. В этой международной программе участвовали специалисты Китая, Туркмении, Израиля и США (с 1995 г.).
За счет гранта Дж. Сороса проводилась работа по теме «Фауна дневных бабочек СНГ» (А. Б. Жданко, 1996-1998). За счет гранта Э. Майера (Музей Сравнительной Зоологии Гарвардского университета) было проведено сравнительное изучение типов роющих ос, описанных из Индии, Пакистана и Юго-Западной Азии, в Музее Естествознания в Лондоне (В.Л. Казенас, 1997). За счет средств Министерства экологии и биоресурсов проведено комплексное энтомологическое обследование территории Ерментауского заказника для выяснения перспектив создания на этой территории заповедника (Р. Х. Кадырбеков, 1996). По гранту Японского общества содействия науке проводились кокцидологические исследования и повышение квалификации в Киотском университете в Японии Р. В. Ященко (1996, 1997).
В 1998-2000 гг. группой арахнологов по гранту INTAS проведена работа по теме «Биоразнообразие паукообразных (пауки, скорпионы, сольпуги) и доминантные виды насекомых как биоиндикаторы состояния окружающей среды в аридных ландшафтах востока и северо-востока Казахстана».
Т. П. Мариковской при поддержке гранта ГЭФ проведена работа по сохранению и восстановлению численности пчелиных в предгорьях и нижнем поясе гор Заилийского Алатау (1998-2000).
А. Б. Жданко участвовал в изучении булавоусых чешуекрылых бывшего СССР по гранту INMOOO (2002). Опубликована коллективная монография.
А. В. Громовым и И. Д. Митяевым по гранту INTAS был проведен сбор материалов по динамике состояния популяций редких видов беспозвоночных в Казахстане и разработке новых категорий краснокнижных беспозвоночных (2001, 2002).
5 сотрудников (В. Л. Казенас, Р. В. Ященко, Е. В. Ишков, А. Б. Жданко, В. А. Кащеев) провели исследования по оценке состояния энтомофауны и организации мониторинга животного мира Аксу-Джабаглинского заповедника (Транс-граничный проект по биоразнообразию Западного Тянь-Шаня. 2002 г.).
П. А. Есенбековой и В. Л. Казенасом по гранту фонда Макартуров проведены исследования по привлечению полезных ос-энтомофагов к искусственным гнездовьям (2000-2001 гг.).
М. К. Чильдебаевым в 2001-2002 гг. в составе отрядов сотрудников лаборатории экологии саранчовых Казахского НИИ защиты растений были проведены эколого-фаунистические исследования саранчовых в Иртышском районе Павлодарской области и в Шымкентской области.
Р. Х. Кадырбеков участвовал в научных исследованиях по гранту INTAS «Стратегия заселения животными обсыхающего дна Аральского моря» (2002, 2003).
И. И. Кабак принимал участие в работе по международному научному проекту «Каталог жесткокрылых Палеарктики» (2000-2003).
М. К. Чильдебаев, В. А. Кащеев, А. Б. Жданко, Р. Х. Кадырбеков, А. В. Громов изучали воздействие пестицидного загрязнения среды, вызванного химической борьбой с саранчой, на нецелевые объекты» в Северном Казахстане по гранту Азиатского банка развития (2002 г.).
По договорам с рядом научно-производственных фирм проводилась оценка состояния биоразнообразия насекомых на нескольких участках предстоящего бурения и прокладки нефтепроводов в Северном Прикаспии (В. Л. Казенас, Р. Х. Кадырбеков, А. Б. Жданко).
К. А. Джанокмен изучала птеромалид в Музее Естественной Истории в Лондоне по грантам Королевского общества Великобритании (1999, 2004, 2005), в Национальном Музее США в Вашингтоне по гранту Смитсоновского института (2001), в Музее Естественной Истории в Будапеште и в Лаборатории систематики паразитических насекомых в Кёсеге по гранту Министерства сельского хозяйства и регионального развития Венгрии (2001) и в Исламской Ре-публике Иран (Институт фисташки, Рафсанжан) при финансовой поддержке Министерства сельского хозяйства Исламской Республики Иран (2007).
В. А. Кащеев, В. Л. Казенас, М. К. Чильдебаев и А. В. Громов в 2004-2005 гг. участвовали в работе по международному проекту ПРООН «Комплексное сохранение приоритетных глобально значимых водно-болотных угодий как мест обитания мигрирующих птиц: демонстрация на трех проектных территориях». Они провели эколого-фаунистическое обследование дельты Урала, Алакольской и Тенгиз-Кургальджинской систем озер в энтомологическом аспекте.
В 2006 г. сотрудники лаборатории участвовали в подготовке к изданию «Красной книги Алматинской области», в 2006 и 2007 гг. – в общеинститутских хоздоговорных работах: «Кадастр животного мира Алматинской области» и «Мониторинг животного мира Мангистауской области».
Следует подчеркнуть, что работа по грантам и хоздоговорам осуществлялась параллельно с работой по основной бюджетной тематике, причем внебюджетное финансирование максимально использовалось и для выполнения бюджетных программ (в основном, для проведения полевых работ).
В последние годы XX столетия и в начале ХХI века значительно возросла издательская деятельность лаборатории. За этот период издано около 500 научных работ. Многие из них опубликованы в журнале «Tethys Entomological Research», который издается научным обществом «Tethys» с непосредственным участием сотрудников лаборатории, начиная с 1999 г. Значительное количество статей опубликовано за рубежом, особенно в российских изданиях. Важным достижением лаборатории является публикация крупных монографий: Р. Б. Асановой о полужесткокрылых (1996), З. А. Федотовой о галлицах (2000), А. Б. Жданко с соавторами о дневных бабочках (2001, 2005, 2006), В. Л. Казенаса о роющих осах (1998, 2000, 2001, 2002), И. Д. Митяева о цикадовых (2002), М. К. Чильдебаева с соавторами о прямокрылых (2001, 2002, 2004), В. А. Кащеева о библиографии стафилинид (2003), П. А. Есенбековой и В. Л. Казенаса о разведении полезных перепончатокрылых (2003), а также коллективной монографии о биоразнообразии заповедника Аксу-Джабаглы (под ред. А. Ф. Ковшаря, 2002). Подготовлены к изданию библиографическая сводка В. Л. Казенаса и Н. Г. Романенко «Основная литература о насекомых Казахстана и сопредельных территорий» в 3 частях (в 2007 г. опубликованы первые две части) и книга И. Д. Митяева и Р. В. Ященко о фитофагах тамариска. Опубликовано несколько учебных пособий и научно-популярных книг: «Красная книга Казахстана» (большой коллектив авторов), «Красная книга Алматинской области» (большой коллектив авторов), «Удивительный мир беспозвоночных» (И. Д. Митяев, Р. В. Ященко, В. Л. Казенас), «Опасные членистоногие Казахстана» (В. Л. Казенас, А. В. Громов), «Опасные животные Казахстана» (В. Л. Казенас) и др.
В конце 2006 г. в лабораторию влилась группа малакологии в составе ведущего научного сотрудника К. К. Увалиевой и 2 младших научных сотрудников.