В ноябре 1946 года директором Института был назначен А. А. Целищев, занимавший ранее пост заместителя директора по научной части. В штате института в это время было всего 55 человек. При организации в 1946 г. на базе Казахстанского филиала АН СССР республиканской Академии наук, вошедший в ее состав, Институт зоологии претерпел некоторые структурные изменения: появились новые лаборатории (палеозологии, зоогеографии, гидробиологии и др.), увеличился численный состав сотрудников, расширилась аспирантура. В это время в структуре института было 4 сектора, включавших 11 лабораторий: зоогеографии, экологии, палеозоологии, энтомологии, ихтиологии, гидробиологии, протозологии, гельминтологии, арахноэнтомологии, паразитарных болезней промысловых животных, химических средств борьбы с паразитами.